News
News

\(polar\)

program to compute molecular polarizabilities, using Thole's empirical model (and modifications of it)
Current version: 2024.01 (shared with CC-BY-NC license). See also all python tools and software pages.

Input

idelta 5 iopt 4 mxiter 1000 ithole 3 & atpol( 1) 2.04995366 gauss( 1) 0.43159629 & atpol( 8) 5.47585005 gauss( 8) 0.09170508 MOLECULE WATER 9.513334 8.163704 8.926833 O 0.00000000 0.00000000 0.00000000 H 1.43042809 0.00000000 -1.10715644 H -1.43042809 0.00000000 -1.10715644

Output

New value for IDELTA 5 New value for IOPT 4 New value for MXITER 1000 New value for ITHOLE 3 Warning .. ignoring GAUSS call Warning .. ignoring GAUSS call Input values Molecule 1 1 3 8.868 WATER 9.513 0.000 8.164 0.000 0.000 8.927 Atomic polarizabilities used with ITHOLE 3 : IM-SQRT ------------------------------------------------------------------------------------------------------- variable value gradient ------------------------------------------------------------------------------------------------------- H 2.04995366 0.00000000 gss-H 0.43159629 0.00000000 O 5.47585005 0.00000000 gss-O 0.09170508 0.00000000 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Frozen parameters (atpol) ------------------------------------------------------------------------------------------------------- HE 1.485000 LI 107.699997 BE 52.439999 B 8.649000 C 8.465000 N 6.169000 F 1.907000 NE 2.632000 NA 126.000000 MG 95.360001 AL 74.029999 SI 45.959999 P 29.830000 S 16.698400 CL 13.081000 AR 13.360000 K 253.600006 CA 228.100006 SC 180.899994 TI 151.199997 V 128.899994 CR 112.000000 MN 98.529999 FE 85.709999 CO 76.260002 NI 68.839996 CU 61.009998 ZN 54.799999 GA 63.639999 GE 47.310001 AS 35.230000 SE 30.770000 BR 23.571400 KR 21.059999 RB 310.200012 SR 303.200012 Y 239.699997 ZR 197.699997 NB 168.199997 MO 146.000000 TC 129.100006 RU 113.900002 RH 101.900002 PD 92.050003 AG 83.820000 CD 77.000000 IN 86.180000 SN 68.839996 SB 54.389999 TE 49.270000 I 36.987999 XE 36.310001 CS 440.200012 BA 456.799988 LA 432.200012 CE 412.100006 PR 394.500000 ND 378.299988 PM 363.399994 SM 349.899994 EU 337.500000 GD 324.799988 TB 313.200012 DY 302.600006 HO 292.600006 ER 283.100006 TM 274.299988 YB 266.100006 LU 220.000000 HF 186.899994 TA 162.600006 W 144.399994 RE 129.600006 OS 116.099998 IR 105.300003 PT 95.830002 AU 88.410004 HG 81.660004 TL 100.599998 PB 78.959999 BI 64.589996 PO 59.930000 AT 53.180000 RN 46.430000 FR 504.100006 RA 542.599976 AC 510.299988 TH 485.399994 PA 464.299988 U 445.399994 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Frozen parameters (ego) ------------------------------------------------------------------------------------------------------- HE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 LI 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 BE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 B 0.123457 0.123457 0.123457 0.074000 C 0.123457 0.123457 0.123457 0.124000 N 0.123457 0.123457 0.123457 0.268000 F 0.123457 0.123457 0.123457 1.468000 NE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 NA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 MG 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 AL 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SI 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 P 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 S 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CL 0.123457 0.123457 0.123457 0.453000 AR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 K 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SC 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TI 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 V 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 MN 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 FE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CO 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 NI 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CU 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 ZN 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 GA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 GE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 AS 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 BR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 KR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 RB 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 Y 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 ZR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 NB 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 MO 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TC 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 RU 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 RH 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PD 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 AG 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CD 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 IN 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SN 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SB 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 I 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 XE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CS 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 BA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 LA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 CE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 ND 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PM 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 SM 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 EU 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 GD 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TB 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 DY 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 HO 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 ER 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TM 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 YB 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 LU 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 HF 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 W 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 RE 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 OS 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 IR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PT 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 AU 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 HG 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TL 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PB 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 BI 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PO 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 AT 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 RN 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 FR 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 RA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 AC 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 TH 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 PA 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 U 0.123457 0.123457 0.123457 0.100000 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Frozen parameters (general factors) ------------------------------------------------------------------------------------------------------- AFACT 2.130400 BFACT 0.000000 CFACT 1.000000 DFACT 1.000000 EFACT 0.000000 FFACT 0.000000 GFACT 0.000000 HFACT 0.000000 IFACT 0.000000 JFACT 0.000000 ------------------------------------------------------------------------------------------------------- Molecular Polarizabilities (a.u.) with above atomic alphas/Afact Mol Name input calc Mean xx yx yy zx zy zz devP relP % devC relC % devT relT % 1 WATER 8.868 9.767 11.114 0.000 8.604 -0.000 0.000 9.581 0.90 10.13 0.65 7.33 0.65 7.33 Polarizability Components Tensor-values mean max/min mean max/min mean max/min Deviation (signed error) 0.898568 0.898568 0.898568 1.601067 0.449284 1.601067 Abs. dev. (unsigned error) 0.898568 0.898568 0.898568 1.601067 0.449284 1.601067 Relative (%) 10.132753 10.132753 9.851081 16.829711 4.925540 16.829711 Absolute relative (%) 10.132753 10.132753 9.851081 16.829711 4.925540 16.829711 Initial Delta value (Idelta 5) 3.18538133 Gradients of delta-function H 2.04995366 13.68146012 gss-H 0.43159629 3.60277324 O 5.47585005 6.08258607 gss-O 0.09170508 41.26345756 Optimizing ALL parameters Opt. Alphas 0 3.18538133 0.00000000 44.04353652 0.00000000 Delta Hessian Symmetrized Delta Hessian 31.6920 9.3867 14.5718 100.2950 9.3867 6.8080 2.7350 89.6261 14.5718 2.7350 6.8033 38.1258 100.2950 89.6261 38.1258 539.1877 Opt. Alphas 10 0.72579870 0.46472105 20.02352057 0.10000000 Opt. Alphas 20 0.32203937 0.16888921 12.99296664 0.10000000 Opt. Alphas 30 0.58546747 0.30916880 16.73981913 0.10000000 Opt. Alphas 40 0.33517686 0.23198126 11.52753370 0.12000000 Opt. Alphas 50 0.19215477 0.42496565 7.66136148 0.12000000 Opt. Alphas 60 0.03364190 0.33771311 2.44265529 0.12000000 Opt. Alphas 70 0.01862415 0.60548273 1.44143209 0.12000000 Opt. Alphas 80 0.02062781 0.58179379 1.63783811 0.12000000 Opt. Alphas 90 0.00356183 0.00119223 0.04837535 0.10352454 Opt. Alphas 100 0.00098193 0.00009188 0.02905172 0.03689116 Opt. Alphas 110 0.00033183 0.00003490 0.03764361 0.06095336 Opt. Alphas 120 0.00021225 0.00001460 0.01950459 0.04724549 Opt. Alphas 130 0.00012152 0.00000540 0.01988080 0.10000000 Opt. Alphas 140 0.00009754 0.00000138 0.00585576 0.10000000 Opt. Alphas 150 0.00008843 0.00000067 0.00514999 0.10000000 Opt. Alphas 160 0.00008354 0.00000040 0.00466044 0.10000000 Opt. Alphas 170 0.00008039 0.00000026 0.00303010 0.10000000 Opt. Alphas 180 0.00007820 0.00000019 0.00280456 0.10000000 Opt. Alphas 190 0.00007656 0.00000015 0.00222825 0.10000000 Opt. Alphas 200 0.00007530 0.00000011 0.00183312 0.10000000 Opt. Alphas 210 0.00007427 0.00000009 0.00159312 0.10000000 Opt. Alphas 220 0.00007343 0.00000008 0.00136171 0.10000000 Opt. Alphas 230 0.00007272 0.00000007 0.00116160 0.10000000 Opt. Alphas 240 0.00007212 0.00000006 0.00101654 0.10000000 Opt. Alphas 250 0.00007159 0.00000005 0.00091447 0.10000000 Opt. Alphas 260 0.00007112 0.00000004 0.00082069 0.10000000 Opt. Alphas 270 0.00007071 0.00000004 0.00074397 0.10000000 Opt. Alphas 280 0.00007034 0.00000004 0.00068196 0.10000000 Opt. Alphas 290 0.00007001 0.00000003 0.00062997 0.10000000 Opt. Alphas 300 0.00006971 0.00000003 0.00059108 0.10000000 Opt. Alphas 310 0.00006943 0.00000003 0.00056380 0.10000000 Opt. Alphas 320 0.00006917 0.00000002 0.00054093 0.10000000 Opt. Alphas 330 0.00006894 0.00000002 0.00052389 0.10000000 Opt. Alphas 340 0.00006872 0.00000002 0.00051188 0.10000000 Opt. Alphas 350 0.00006851 0.00000002 0.00050389 0.10000000 Opt. Alphas 360 0.00006832 0.00000002 0.00049903 0.10000000 Opt. Alphas 370 0.00006815 0.00000002 0.00049657 0.10000000 Opt. Alphas 380 0.00006798 0.00000002 0.00049599 0.10000000 Opt. Alphas 390 0.00006782 0.00000002 0.00049693 0.10000000 Opt. Alphas 400 0.00006767 0.00000001 0.00049870 0.10000000 Opt. Alphas 410 0.00006753 0.00000001 0.00050115 0.10000000 Opt. Alphas 420 0.00006739 0.00000001 0.00050439 0.10000000 Opt. Alphas 430 0.00006726 0.00000001 0.00050818 0.10000000 Opt. Alphas 440 0.00006714 0.00000001 0.00051231 0.10000000 Opt. Alphas 450 0.00006703 0.00000001 0.00051663 0.10000000 Opt. Alphas 460 0.00006691 0.00000001 0.00052104 0.10000000 Opt. Alphas 470 0.00006681 0.00000001 0.00052547 0.10000000 Opt. Alphas 480 0.00006670 0.00000001 0.00052986 0.10000000 Opt. Alphas 490 0.00006661 0.00000001 0.00053418 0.10000000 Opt. Alphas 500 0.00006651 0.00000001 0.00053839 0.10000000 Opt. Alphas 510 0.00006642 0.00000001 0.00054249 0.10000000 Opt. Alphas 520 0.00006633 0.00000001 0.00054647 0.10000000 Opt. Alphas 530 0.00006625 0.00000001 0.00055035 0.10000000 Opt. Alphas 540 0.00006616 0.00000001 0.00055417 0.10000000 Opt. Alphas 550 0.00006608 0.00000001 0.00055798 0.10000000 Opt. Alphas 560 0.00006601 0.00000001 0.00056170 0.10000000 Opt. Alphas 570 0.00006593 0.00000001 0.00056519 0.10000000 Opt. Alphas 580 0.00006586 0.00000001 0.00056863 0.10000000 Opt. Alphas 590 0.00006579 0.00000001 0.00057205 0.10000000 Opt. Alphas 600 0.00006572 0.00000001 0.00057540 0.10000000 Opt. Alphas 610 0.00006566 0.00000001 0.00057863 0.10000000 Opt. Alphas 620 0.00006559 0.00000001 0.00058174 0.10000000 Opt. Alphas 630 0.00006553 0.00000001 0.00058472 0.10000000 Opt. Alphas 640 0.00006547 0.00000001 0.00058757 0.10000000 Opt. Alphas 650 0.00006541 0.00000001 0.00059029 0.10000000 Opt. Alphas 660 0.00006536 0.00000001 0.00059289 0.10000000 Opt. Alphas 670 0.00006530 0.00000001 0.00059538 0.10000000 Opt. Alphas 680 0.00006524 0.00000001 0.00059776 0.10000000 Opt. Alphas 690 0.00006519 0.00000001 0.00060003 0.10000000 Opt. Alphas 700 0.00006514 0.00000001 0.00060220 0.10000000 Opt. Alphas 710 0.00006509 0.00000001 0.00060428 0.10000000 Opt. Alphas 720 0.00006504 0.00000000 0.00060626 0.10000000 Opt. Alphas 730 0.00006499 0.00000000 0.00060816 0.10000000 Opt. Alphas 740 0.00006494 0.00000000 0.00060997 0.10000000 Opt. Alphas 750 0.00006489 0.00000000 0.00061171 0.10000000 Opt. Alphas 760 0.00006485 0.00000000 0.00061337 0.10000000 Opt. Alphas 770 0.00006480 0.00000000 0.00061496 0.10000000 Opt. Alphas 780 0.00006476 0.00000000 0.00061649 0.10000000 Opt. Alphas 790 0.00006472 0.00000000 0.00061795 0.10000000 Opt. Alphas 800 0.00006468 0.00000000 0.00061936 0.10000000 Opt. Alphas 810 0.00006463 0.00000000 0.00062071 0.10000000 Opt. Alphas 820 0.00006459 0.00000000 0.00062202 0.10000000 Opt. Alphas 830 0.00006455 0.00000000 0.00062331 0.10000000 Opt. Alphas 840 0.00006451 0.00000000 0.00062457 0.10000000 Opt. Alphas 850 0.00006448 0.00000000 0.00062582 0.10000000 Opt. Alphas 860 0.00006444 0.00000000 0.00062707 0.10000000 Opt. Alphas 870 0.00006440 0.00000000 0.00062829 0.10000000 Opt. Alphas 880 0.00006437 0.00000000 0.00062950 0.10000000 Opt. Alphas 890 0.00006433 0.00000000 0.00063071 0.10000000 Opt. Alphas 900 0.00006429 0.00000000 0.00063190 0.10000000 Opt. Alphas 910 0.00006426 0.00000000 0.00063306 0.10000000 Opt. Alphas 920 0.00006423 0.00000000 0.00063419 0.10000000 Opt. Alphas 930 0.00006419 0.00000000 0.00063529 0.10000000 Opt. Alphas 940 0.00006416 0.00000000 0.00063634 0.10000000 Opt. Alphas 950 0.00006413 0.00000000 0.00063736 0.10000000 Opt. Alphas 960 0.00006410 0.00000000 0.00063834 0.10000000 Opt. Alphas 970 0.00006406 0.00000000 0.00063928 0.10000000 Opt. Alphas 980 0.00006403 0.00000000 0.00064019 0.10000000 Opt. Alphas 990 0.00006400 0.00000000 0.00064106 0.10000000 Opt. Alphas 1000 0.00006397 0.00000000 0.00064191 0.10000000 Atomic polarizabilities used with ITHOLE 3 : IM-SQRT ------------------------------------------------------------------------------------------------------- variable value gradient ------------------------------------------------------------------------------------------------------- H 1.01331247 0.00054387 gss-H 0.08728657 0.00034096 O 6.72435896 -0.00000032 gss-O 88.60256606 -0.00000000 Molecular Polarizabilities (a.u.) with above atomic alphas/Afact Mol Name input calc Mean xx yx yy zx zy zz devP relP % devC relC % devT relT % 1 WATER 8.868 8.868 9.517 0.000 8.167 -0.000 0.000 8.920 0.00 0.00 -0.01 -0.07 -0.01 -0.07 Polarizability Components Tensor-values mean max/min mean max/min mean max/min Deviation (signed error) 0.000015 0.000015 0.000015 -0.006508 0.000008 -0.006508 Abs. dev. (unsigned error) 0.000015 0.000015 0.004354 0.006508 0.002177 0.006508 Relative (%) 0.000174 0.000174 0.000414 -0.072907 0.000207 -0.072907 Absolute relative (%) 0.000174 0.000174 0.049018 0.072907 0.024509 0.072907 atpol(H) 1.0133124690 & gauss(H) 0.0872865684 & atpol(O) 6.7243589579 & gauss(O) 88.6025660558 & ============== Timing results ============== timer stat nrcalls tot cpu cpu/call tot wall wall/call ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- getdeltagrad 0 1010 0.064201 0.000064 0.062000 0.000061 molalphagrad 0 4040 0.053577 0.000013 0.053000 0.000013 axbitr4: lpi 0 100760 0.050734 0.000001 0.055000 0.000001 molalphagrad Build relay 0 4040 0.010220 0.000003 0.010000 0.000002 getdelta 0 1010 0.007606 0.000008 0.008000 0.000008 molalpha 0 1012 0.006607 0.000007 0.006000 0.000006 molalphagrad Build grelay 0 4040 0.005758 0.000001 0.005000 0.000001 molalphagrad deAlloc 0 4040 0.002786 0.000001 0.007000 0.000002 buildrelay_ithole3 0 5052 0.002752 0.000001 0.004000 0.000001 molalphagrad Alloc 0 4040 0.002368 0.000001 0.004000 0.000001 molalphagrad Build tensor 0 4040 0.002104 0.000001 0.001000 0.000000 buildGrelaydGAUSS_ithole3 0 2020 0.001101 0.000001 0.001000 0.000000 buildGrelaydALPHA_ithole3 0 2020 0.000948 0.000000 0.001000 0.000000 getdeltahess 0 1 0.000735 0.000735 0.001000 0.001000 Total CPU-time 0.1753 Total WALL-time 0.1770